Il Tavolo Interministeriale Ambiente assicura il dialogo tra il Ministero delle Infrastrutture e Trasporti (Autorità di Gestione), il Ministero dell'Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare (Autorità Ambientale) e il Ministero dello Sviluppo Economico - Dipartimento per lo sviluppo e la coesione economica (MISE-DPS).
Il Tavolo assicura lo svolgimento di tutte le attività connesse all'integrazione della componente ambientale nell'attuazione del Programma Operativo, comprese la pianificazione e l'esecuzione delle attività connesse al monitoraggio ambientale, nonché l'esame di tutte le criticità eventuali in materia ambientale.
Il Tavolo Interministeriale Ambiente si avvale, per gli approfondimenti di carattere tecnico-specialistico, del Gruppo di Lavoro Sostenibilità ambientale del PON Reti e Mobilità.