L'Autorità di Gestione è responsabile della gestione e attuazione del Programma Operativo (PO), conformemente al principio della sana gestione finanziaria e assicura il coordinamento generale delle attività relative al PON, riferendo periodicamente al Comitato di Sorveglianza (CdS) sull'attività svolta e sulle decisioni assunte in merito alla gestione operativa.
L'Amministrazione responsabile della gestione del PON Reti e Mobilità 2007-2013 è il:
Ministero delle Infrastrutture e dei Trasporti
Dipartimento per le Infrastrutture, i sistemi informativi e statistici
Direzione generale per lo sviluppo del territorio, la prоgrammazione ed i progetti internazionali.